修正案草案二审稿中规定：“民办学校的举办者可以自主选择设立非营利性或者营利性民办学校。”有的常委会委员、地方和社会公众提出，在义务教育领域，应当限制举办营利性民办学校，建议法律对此予以体现。教育部还提出，根据中央精神，不允许举办营利性民办义务教育阶段学校，建议予以明确。对此，草案三审稿增加规定：“不得设立实施义务教育的营利性民办学校。”此外，草案三审稿还增加规定：“民办学校的举办者依据学校章程规定的权限和程序参与学校的办学和管理。”“国家鼓励民办学校按照国家规定为教职工办理补充养老保险。”
修正案草案二审稿规定：“新建、扩建非营利性民办学校，人民政府应当按照公益事业用地及建设的有关规定以土地划拨等方式给予优惠。”有的常委会委员、代表、部门和社会公众提出，非营利性民办学校应当与公办学校享受同等的用地优惠，对营利性民办学校也应当给予相应的用地优惠。法律委员会经研究，在草案三审稿中作出修改：“新建、扩建非营利性民办学校，人民政府应当按照与公办学校同等原则，以划拨等方式给予用地优惠。新建、扩建营利性民办学校，人民政府应当按照国家规定供给土地。”
为保障民办学校分类管理改革平稳有序推进，草案三审稿规定：“本决定公布前设立的民办学校，选择登记为非营利性民办学校的，根据依照本决定修改后的学校章程继续办学，终止时，民办学校的财产依照本法规定进行清偿后有剩余的，根据出资者的申请，综合考虑在本决定施行前的出资、取得合理回报的情况以及办学效益等因素，给予出资者相应的补偿或者奖励，其余财产继续用于非营利性学校办学；选择登记为营利性民办学校的，应当进行财务清算，依法明确财产权属，并缴纳相关税费，重新登记，继续办学。具体办法由省、自治区、直辖市制定。”
全国人大法律委员会认为，为了贯彻落实党中央有关实行民办学校分类管理改革的精神，促进民办教育健康发展，对民办教育促进法进行修改是必要的，修正案草案经过两次审议修改，已经比较成熟。
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