在完善高校学科专业设置机制上，《意见》明确对承担国家重大科研任务、符合学位授予标准的高校，新增硕士博士学位授权可不再要求培养年限。落实和扩大高校专业设置自主权，《意见》指出除国家控制布点的专业外，高校自主设置《普通高等学校本科专业目录》内的专业，报教育部备案；自主设置高等职业教育（专科）专业，报省级教育行政部门备案。支持高校对接产业行业需求，经学科和产业行业专家充分论证后，按照专业管理规定设置经济社会发展急需的新专业。
《意见》提出积极探索实行高校人员总量管理，为改革现行编制管理方式提供了政策依据和改革通道。《意见》明确，试点高校人员总量实行动态调整。纳入总量管理的人员享有相应待遇和保障。高校自主设置内设机构，鼓励高校推进内设机构取消行政级别的试点。
在改善高校进人用人上，《意见》明确高校根据事业发展、学科建设和队伍建设需要，自主制订招聘或解聘的条件和标准，自主公开招聘人才。政府各有关部门不统一组织高校人员聘用考试，简化进人程序，为高校聘用人才提供便捷高效的人事管理服务。
《意见》进一步改进高校教师职称评审机制，明确将职称评审权下放到高校，标志着彻底取消行政部门对高校教授和副教授职称评审权的审批管理方式。同时，改进教师职称评审方法。高校要将师德表现作为评聘的首要条件，提高教学业绩在评聘中的比重。针对不同类型、不同层次教师，按照哲学社会科学、自然科学等不同学科领域，基础研究、应用研究等不同研究类型，建立分类评价标准。完善同行专家评价机制，建立以“代表性成果”和实际贡献为主要内容的评价方式。
为激发广大教学科研人员教书育人、干事创业的积极性和主动性，《意见》明确要健全符合中国特色现代大学特点的薪酬分配制度，在核定的绩效工资总量内可采取年薪制、协议工资、项目工资等灵活多样的分配形式和分配办法。绩效工资分配要向关键岗位、高层次人才、业务骨干和做出突出成绩的工作人员倾斜。高校科研人员依法取得的科技成果转化奖励收入，不纳入绩效工资。
在明确简政放权举措的同时，《意见》对完善高校内部治理和强化监管优化服务做出明确规定，要求加强党对高校的领导，加强制度建设，完善民主管理和学术治理，强化信息公开与社会监督；要求构建事中事后监管体系，加强协调与指导，营造良好改革环境。
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